A pesar de que Firefox es portado independientemente a cada vez más plataformas, su desarrollo principal parece ir en la dirección contraria: En un esfuerzo por limpiar las llamadas a la API y reducir el tamaño de su código en general, un parche fué publicado en Bugzilla removiendo el soporte para versiones de Windows posteriores a la v2000. Hay un acalorado debate en los foros de MozillaZine después de que apareciera un contra-parche que revierte los cambios del anterior.
La postura oficial parece ser que Firefox 3.0 mantendrá esta incompatibilidad con las versiones más viejas de Windows, pero que los desarrolladores independientes son libres para trabajar en un "fork" no-oficial de Firefox para Windows 9x.
A favor de mantener la compatibilidad con Windows 98, el autor del contra-parche dice que Firefox es menos problemático en Windowx 9x que en Windows XP, y que se trata de código viejo pero probado.
El contra-argumento a esa opinión es que, en comparación, el Firefox actual no podría ser compilado en una distribución Linux de 1998, y menos en una de 1995.