Con el primer caso OggConvert uno obtiene muy buenos resultados pero los formatos de salida son muy limitados
WinFF sí permite una gran variedad de formatos tanto de entrada como de salida, pero es demasiado sensible a la aparición de errores dependiendo de los códecs que se necesiten en cada momento.
Transmageddon, que es bastante estable, soporta la mayoría de formatos y códecs y tiene una interfaz muy sencilla e intuitiva.
Más información sobre oggconvert: http://oggconvert.tristanb.net/
Información Sobre WINFF: http://winff.org/html_new/
Información sobre Transmageddon en: http://www.linuxrising.org/