En muchos de los casos no se indica qué distribución de Linux es la que está implantada. También está extendido el uso de sistemas operativos internos, que corren sobre estos ordenadores de alto rendimiento, aunque entre los equipos más potentes, domina la distribución SuSE Linux, según esta lista, de la que se hace eco Diario TI.
También destaca el hecho de que siete de los diez sistemas más potentes trabajen con SuSE Linux, y que el sistema de IBM en Estados Unidos ocupa el tercer lugar, con AIX, utilizado en de 43 de los sistemas de la lista.
El sistema Unix de HP, HP-UX, continúa gozando de buena posición y lo emplean 27 de las supercomputadoras de la lista. Sin embargo, el más potente de todos aparece en el lugar 130 de esta clasificación. Microsoft, por su parte, ofrece una solución que compite con Linux, pero ninguno de los sistemas recabados en Top 500 la utiliza.
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